Le acque costiere regionali appartengono alla parte più settentrionale del bacino dell’Alto Adriatico e sono caratterizzate da una limitata profondità dei fondali il cui valore massimo raggiunge i 25 m. Nel periodo estivo, l’apporto di acque dolci dai fiumi instaura una netta stratificazione tra le acque superficiali, più calde e meno saline, e quelle di fondo, più fredde e saline. Nei mesi freddi, al contrario, il rimescolamento è totale, con caratteristiche uniformi tra le acque di superficie e di fondo. La circolazione profonda è caratterizzata da una corrente in senso antiorario; il movimento delle acque superficiali risente invece della componente “vento”.
Dal punto di vista morfologico, la costa si presenta alta dal confine con la Slovenia fino alle foci del fiume Timavo, bassa e sabbiosa da tale punto alla foce del fiume Tagliamento, confine con la regione Veneto.


Le acque di transizione sono le acque lagunari (laguna di Grado-Marano) e le acque delle foci e dei delta dei fiumi. Tali acque costituiscono ambienti particolari dovuti al rimescolamento delle acque dolci, provenienti dai fiumi, con le acque salate del mare. La laguna di Marano e di Grado caratterizza il profilo costiero alto Adriatico della regione Friuli Venezia Giulia. L’origine della laguna viene fatta risalire attorno al IV-VI secolo d.c. a seguito dell’evoluzione deltizia delle foci del Fiume Tagliamento e del Fiume Isonzo. Il profilo morfologico attuale è quello conseguente le ultime attività di bonifica risalenti al primo ventennio del ‘900. L’areale lagunare, stimato in 160 kmq, si sviluppa lungo una progressione arcuata parallela alla linea di costa per circa 32 km. Il cuneo salino penetra i corsi d’acqua che sfociano in laguna per almeno altri 4-5 km dalla loro foce. Il contributo delle acque dolci incide per il 70-80% sulla laguna di Marano, mentre la laguna di Grado ha caratteristiche significativamente più marine. Considerato l'interesse naturalistico dell’area, sono state istituite riserve naturali e zone di protezione speciale. L’intera laguna è inserita tra i siti di interesse comunitario.