L’Ufficio studi faunistici coordina i monitoraggi faunistici previsti dalla Direttiva Uccelli e dal DPR 8 settembre 1997 n. 357 (Direttiva Habitat). Le indagini sono funzionali alla stesura delle misure di conservazione e dei piani di gestione dei siti della Rete Natura 2000 ed alla verifica dello stato di conservazione di specie e habitat.
Elenco monitoraggi:
- Monitoraggio ITaliano Ornitologico (MITO2000)
- Re di quaglie
- Avifauna nidificante nella ZPS Aree carsiche della Venezia Giulia (2010-2013)
- Piciformi nella ZPS Alpi carniche (2010-2011)
- Rapaci diurni e Galliformi nella ZPS Alpi carniche (2010)

E' in fase di redazione il Programma regionale di monitoraggio delle specie e degli habitat Natura 2000.