Le aree di pregio naturalistico della Regione sono oggetto di  tutela da  parte di  due disposizioni normative originali:  la  Legge nazionale 394 del 1991 "principi fondamentali per l'istituzione e la gestione delle aree naturali protette" e il Decreto del Presidente della Repubblica 357/96 e sgg., recepimento nazionale delle Direttive 92/43 CEE "Habitat" e della Direttiva  79/409 CEE "Uccelli" che istituiscono la rete Natura 2000 di tutela della biodiversità europea.

La LR 42/96 e sgg. costituisce l'applicazione regionale dalla legge nazionale 394/91. Quest'ultima concentra la sua azione nell'individuazione delle aree protette (parchi e riserve) e stabilisce i principi inderogabili per la loro gestione: l'obbligo di istituzione delle singole aree con specifica legge, la partecipazione degli enti locali alla formazione e gestione, la dotazione annuale di specifici bilanci, l'adozione di misure di salvaguardia e di alcuni divieti fra cui quello di caccia.   La legge regionale istituisce inoltre i biotopi e le aree di reperimento prioritario ed alcune forme di tutela originali (tra cui ARIA e Parchi comunali) cercando di dare risposta alla  varietà di situazioni presenti in FVG e di recuperare la coerenza di un sistema che la Regione aveva già  dettagliatamente pianificato sul suo territorio. La Legge 42/96 va infatti a sostituire l'impianto originale della precedente normativa regionale che legava strettamente la tutela delle aree naturali alla pianificazione territoriale ed urbanistica rifacendosi al disegno del PURG del 1978  nel quale le forme di protezione della natura disegnavano un sistema coerente di ambienti principali e di connettivo sul 30% del territorio regionale.

In attuazione del DPR 357/97 la Regione ha individuato Siti di Importanza Comunitaria e Zone di Protezione Speciale, a disciplinare l'applicazione della Valutazione di incidenza ecologica, a emanare le misure di conservazione generali e specifiche,  ad approntare i piani di gestione dei siti.  La rete Natura 2000 da un lato prevede la conservazione di habitat e specie precisamente indicate a livello comunitario e ne armonizza i criteri di governo e di monitoraggio, dall'altro propone la tematica della continuità fra i siti attraverso "la gestione di elementi del paesaggio... che per la loro struttura lineare e continua sono essenziali per la migrazione,  la distribuzione geografica e lo scambio genetico di specie selvatiche" (art.10 Direttiva 92/43 CEE)  ovvero la previsione di "direttive per la gestione delle aree di collegamento ecologico funzionale"  (art 3comma 3 DPR 357/97).